O termo germe tem significados diferentes de acordo com o contexto . Em um nível geral, pode-se dizer que um germe é aquele que propicia a origem ou o começo de alguma coisa .

No caso das plantas, a parte da semente que permite o desenvolvimento de um novo espécime é chamada de germe. A noção também pode aludir ao primeiro dos caules que surgem após a germinação da planta.

É geralmente considerado que o germe de um indivíduo da planta é o embrião que é formado após a fertilização, que surge, por sua vez, do desenvolvimento do zigoto. Esse germe passa por um processo complexo à medida que se desdobra, culminando na aparência da nova planta.

Um microorganismo patogênico é também chamado de germe. Microorganismos são micróbios: organismos unicelulares que só podem ser visualizados usando um microscópio. O adjetivo patogênico, por outro lado, qualifica o que pode causar e desencadear uma doença (uma alteração da saúde ).

Um germe, neste quadro, é um agente capaz de danificar uma planta ou organismo animal (incluindo o ser humano). Sendo um hospedeiro vivo do germe, é chamado de convidado. Uma vez que o germe esteja instalado no hospedeiro, se ele encontrar as condições que precisa desenvolver, ele acabará produzindo uma doença .

Em um sentido mais amplo e até simbólico, o germe é o começo de algo, seja moral (abstrato) ou material. Por exemplo : "Os analistas consideram que o germe do terrorismo fundamentalista é encontrado nesta cidade árabe", "A chegada do atacante uruguaio foi o germe do sucesso da equipe", "As medidas antipopulares do governo constituíram o germe do movimento revolucionário" .