Para conhecer o significado do termo protocolo de pesquisa, é necessário que, em primeiro lugar, determinemos a origem etimológica das duas palavras que o formam:
-Protocolo deriva do grego "protokollon", formado pelo prefixo "protos" (o primeiro) e "kollea" (cauda).
-Investigação, por outro lado, vem do latim "investigatio". Esta palavra, que significa "ação e efeito de descobrir", é composta de três partes diferentes: o prefixo "in" (para dentro), o substantivo "vestigium" (traço) e o sufixo "-ção" (ação e efeito).

Protocolo de um conceito com vários usos. Geralmente é usado para se referir ao conjunto de instruções ou regras que, por acordo ou por tradição, permitem guiar um comportamento.

A pesquisa, por outro lado, é o processo e o resultado da pesquisa (a ação metódica que é realizada com a intenção de aumentar o conhecimento sobre algo ou com o objetivo de fazer uma descoberta).

Os protocolos de pesquisa, portanto, são guias que detalham diferentes questões que são consideradas no desenvolvimento de um trabalho de pesquisa. Sua finalidade é acordar procedimentos comuns a todos os pesquisadores, para que a análise dos resultados seja facilitada e as conclusões do trabalho possam ser facilmente compartilhadas.

Um protocolo de pesquisa, por outro lado, fornece referências ao trabalho a ser desenvolvido e estabelece sob quais parâmetros os resultados do projeto serão interpretados.

Uma vez que a pesquisa é feita, outro cientista pode levar o protocolo em questão e estudar a documentação utilizada e as medidas tomadas. Desta forma, a comunidade científica está em posição de considerar a validade e a qualidade da pesquisa realizada. Graças ao protocolo de pesquisa, por outro lado, o trabalho de pesquisa pode ser verificado e repetido passo a passo.

Especificamente, a estrutura considerada essencial que um protocolo de pesquisa deve ter é a seguinte:
Título da investigação e resumo do mesmo.
-Justificação.
-Objetivos finais e como os resultados obtidos podem ser aplicados.
- Fundamentação teórica
Objetivos gerais e específicos deste trabalho de pesquisa.
-Metodologia
- Métodos de análise de resultados.
-Bibliografia

Podemos dizer que esta é a estrutura básica de qualquer trabalho de pesquisa realizado. No entanto, não podemos ignorar que também é necessário incluir outras seções ou elementos, como os anexos, o cronograma de atividades que foram seguidas, as fontes utilizadas e até mesmo o financiamento e as ferramentas que foram usadas para ter aquilo.

Da mesma forma, não devemos esquecer que é essencial que um protocolo de pesquisa se caracterize por ser completo, sério, responsável, flexível e até mesmo reciclável. E é assim que alcançará os objetivos propostos.

Ou seja, um protocolo de pesquisa deve incluir um resumo do trabalho de pesquisa, a declaração do problema, os detalhes dos objetivos, o arcabouço teórico seguido, as técnicas que foram aplicadas e a metodologia usada para analisar os resultados, entre outros dados.