Taxonomia tem sua origem em uma palavra grega que significa "ordenação" . Esta é a ciência da classificação que é aplicada na biologia para a organização sistemática e hierárquica de grupos de animais e plantas .
Especificamente, podemos determinar que a taxonomia é dividida em duas: microtaxonomia, que é responsável por delimitar e descrever certas espécies; e macrotaxonomia, que é aquela que classifica com base nos critérios concedidos pela agência anterior.
Também é importante estabelecer que a taxonomia está muito relacionada ao que é conhecido como sistemática. Isto pode ser definido como a ciência que é responsável por conduzir o estudo das relações de parentesco, também chamadas de afinidades, que ocorrem entre diferentes espécies.
Tudo isso sem esquecer o estreito vínculo existente entre taxonomia e outras ciências ou questões como evolução, paleontologia, genética, biologia molecular, filogenia ou embriologia.
A taxonomia biológica faz parte da biologia sistemática, dedicada à análise das relações de parentesco entre os organismos. Uma vez que a árvore filogenética do organismo em questão é resolvida e seus ramos evolutivos são conhecidos, a taxonomia está encarregada de estudar as relações de parentesco.
Além de tudo isso, deve-se ressaltar que, ao trabalhar com a taxonomia, desenvolvendo-a e colocando-a em prática, é vital que sejam claros os diferentes conceitos que nela são fundamentais. Este seria o caso do seguinte:
Caráter, que vem se referir às características da planta, por exemplo.
Estado do personagem, isto é, os valores que o personagem pode adquirir.
Os caracteres de diagnóstico são aqueles que são usados claramente para proceder à discriminação de táxons.
Caracteres derivados. Eles são identificados como sendo de um tipo dinâmico e porque podem fornecer informações sobre a aparência de novas linhagens. Tudo isso pode ser feito por aqueles que são os estados que podem ter um caractere de maneira diferente de seu ancestral, desde que sejam modificados.
Existem diferentes posições em relação à taxonomia, embora em geral se sustente que sua função começa quando a filogenia dos táxons já está definida. É por isso que a taxonomia organiza a árvore filogenética dentro de um sistema de classificação.
A visão mais difundida compreende táxons como clados (ramos da árvore filogenética, com espécies relacionadas por um ancestral comum) que já foram designados para uma categoria taxonômica.
O processo de taxonomia continua com a atribuição de nomes (de acordo com os princípios da nomenclatura), a elaboração das chaves de identificação dicotômicas e a criação dos sistemas de classificação.
Os táxons permitem classificar os seres vivos a partir de uma hierarquia de inclusão (cada grupo inclui outros menores, enquanto subordinados a um maior). As categorias fundamentais, desde as mais abrangentes até as menores, são o domínio, o reino, a borda ou a divisão, a classe, a ordem, a família, o gênero e a espécie .
Deve-se notar que os avanços no conhecimento de DNA e problemas de biodiversidade representam grandes desafios para a taxonomia.